Vienuolyno pastato architektūra

Vienuolyno pastatas iki mūsų dienų išliko bemaž nepakitęs. Tai puikus vėlyvojo renesanso architektūros Lietuvoje pavyzdys. Dviaukštis trijų korpusų pasagos formos namas dviem galais šliejasi prie pietinės bažnyčios sienos, sudarydamas nedidelį kluatrą – uždarą stačiakampį kiemą. Pirmame aukšte priešingus vienuolyno galus, kluatrą, presbiteriją bei zakristiją ir lauką jungė palei pietinę bažnyčios sieną sumūryta galerija su įstiklinta arkada. Vienuolyne išlikusi senoji vienpusė koridorių sistema; dideli šviesaus koridoriaus langai žvelgia į jaukų kluatrą. 

Vienuolyno pirmo aukšto patalpos erdvios, skirtingo ploto, dengtos kryžminiais skliautais. Pietvakarių kampe buvo šviesus ir didelis vienuolių valgomasis – refektorius. Į jį šviesa patekdavo iš trijų pusių pro šešis didžiulius langus. Dabar refektoriuje įrengta šarvojimo salė. Įspūdingas žvaigždinėmis nerviūromis puoštas refektoriaus skliautas – svarbiausia architektūrinė vienuolyno interjero puošmena. Šalia valgomojo buvo įrengta didelė virtuvė (patalpos šiuo metu uždarytos). Virtuvė su valgomuoju susiėjo per angą, kurioje buvo įrengtas sukamasis langelis maistui tiekti. Veikiausiai po rytiniu ar pietiniu vienuolyno korpusu buvo įrengta hipokaustinio šildymo krosnis, iš jos ėjo kanalai šiltam orui cirkuliuoti. Priešais refektorių, kitoje prieangio pusėje – erdvus podėlis su langu ir laiptais į rūsį. Pietryčių kampe, manoma, buvo bernardinų vyresniojo būstas – du gyvenamieji kambariai ir dvi patalpos įvairiems daiktams laikyti su įėjimais į rūsį (dabar šiose patalpose įrengta virtuvė ir tualetai). Šiaurės rytų kampe, Didžiojo altoriaus dešinėje, įsikūrusios dvi zakristijos. Viena jų, esanti prie pietinio presbiterijos šono, naudojama ir šiandien. Ši zakristija dengta skliautais su žvaigždinį skliautą imituojančiomis nerviūromis. Prie zakristijos buvo patalpos su podėliais, skirtos gyventi kunigui emeritui, kunigui, vargonininkui ir gvardijono patarnautojams. Pirmame aukšte dar buvo ir trys vienuolių celės.

Antrame vienuolyno aukšte buvo 18 patalpų, visos užveriamos filinginėmis durimis su užraktais. Dauguma kuklių vienuolių celių buvo dengtos cilindriniais skliautais su liunetėmis, penkios patalpos ir koridorius dengti kryžminiais skliautais. Vienuolyno patalpų interjerai buvo kuklūs, sienos nutinkuotos baltai. Koridoriaus grindys iki XIX a. pabaigos buvo plytinės, vėliau pakeistos medinėmis. Celės apstatytos taip pat labai kukliai: stalas, kėdė, lova ir krosnis. Antrame aukšte taip pat buvo ir dvi svetainės, vaistų saugyklos kambarys, siuvyklėlė su nedidele patalpa audiniams laikyti, dvi patalpos bažnytiniams reikmenims kaupti. Pietvakariuose, virš refektoriaus, buvo tokio pat ploto šviesi ir erdvi bibliotekos patalpa. Rytinio korpuso šiauriniame gale įrengtas išėjimas į antrą presbiterijos aukštą – vienuoliai tiesiai iš celių, nesutikę į bažnyčią užėjusių pasauliečių, galėjo pereiti už bažnyčios Didžiojo altoriaus įrengtą vienuolių choro antrą aukštą. Dviaukščiame vienuolių chore buvo du altoriai: vienas su gipsine Jėzaus skulptūra antrajame aukšte ir mažas Švč. Mergelės Marijos altorius pirmajame choro aukšte; čia vienuoliai aukodavo šv. Mišias.