Altoriai
Pirmieji altoriai bažnyčioje įrengti jau 1620 m., prasidėjus vidaus įrangos darbams. Tai – didysis Dievo Motinos Angelų Karalienės ir šoninis Šv. Pranciškaus altorius, liudiję bernardinų pamaldumą Švč. Mergelei Marijai ir didelę jų pagarbą ordino įkūrėjui. Be bažnyčios titulą atspindinčio Švč. Mergelės Marijos paveikslo, Didžiajame altoriuje taip pat buvo šv. Andriejaus ir šv. Jeronimo atvaizdai, primenantys maldininkams apie ansamblio fundatorius. Likę keturi altoriai įrengti iki 1635-ųjų. Tais metais bažnyčia ir jos šeši altoriai buvo pašventinti.
Senųjų altorių sunykimas, taip pat pasikeitusios meninės mados bernardinus paskatino atnaujinti šventovės vidų. 1746–1780 m. bažnyčios interjeras buvo pertvarkytas. 1806 m. bažnyčios aprašyme jau minimi visi nauji devyni altoriai, tituluoti Švč. Mergelės Marijos Angelų Karalienės, Šv. Onos, Šv. Pranciškaus, Jėzaus Nazariečio, Šv. Barboros, Trijų karalių, Loreto Švč. Mergelės Marijos, Šv. Antano, Kristaus Gimimo vardais. Šv. Onos, Šv. Barboros, Šv. Pranciškaus ir Šv. Antano įrenginius globojo XVII ir XVIII a. pirmojoje pusėje patvirtintos tų pačių pavadinimų brolijos.
Visi altoriai, išskyrus didįjį, pagal dekoro formas sudaro poras: Šv. Pranciškaus – Šv. Onos, Jėzaus Nazariečio – Loreto Dievo Motinos, Šv. Barboros – Šv. Antano, Trijų Karalių – Jėzaus Gimimo. Prie pirmųjų, arčiau presbiterijos esančių porų gerai dera altorinio tipo krikštykla ir puošni priesienė, pakabinamo tipo sakykla. Visi jie dekoruoti vėlyvajam barokui ir rokoko stilistikai būdingomis formomis. Tik arčiausiai vargonų esančių šoninių Trijų Karalių ir Kristaus Gimimo altorių puošyboje atsispindi ankstyvojo klasicizmo stiliaus įtaka.
Visi interjero įrenginiai sudaro darnų formų ir ikonografijos siejamą ansamblį. Tiek altoriai, tiek altorinio tipo krikštykla turi sarkofago tipo mensas ir dekoratyvius tabernakulį primenančius įrenginius su ertmėmis jų centruose. Jose kadaise buvo įstatytos relikvijos. Puošnūs relikvijoriai tebesaugomi ant Šv. Antano ir Šv. Barboros altorių mensų. Visi altoriai kadaise buvo polichromuoti ir paauksuoti. Įvairesnė polichromija dar buvo išlikusi iki 1970–1973 m. bažnyčios interjero restauracijos. Restauruojant skulptūrinis altorių dekoras buvo nubaltintas.
